LabDAO trace l'avenir de l'IA open source pour la découverte de médicaments

Le projet Folding@home a fait la une des journaux tout au long de la pandémie de COVID-19 pour avoir mobilisé la puissance de calcul inutilisée afin d'explorer l'espace de recherche de repliement des protéines pour lutter contre le nouveau coronavirus. Donnant aux citoyens les moyens d'être des scientifiques à part entière, l'initiative a mené des simulations à grande échelle de différentes configurations moléculaires de protéines sur un réseau distribué d'ordinateurs « inscrits » à travers le monde.

Ce paradigme décentralisé a été annoncé pour rassembler les gens autour d'un problème commun et pour rassembler efficacement la puissance de calcul, mais que se passerait-il si la puissance de calcul et l'infrastructure de résolution de problèmes étaient inversées ? En d'autres termes, que se passerait-il si les individus pouvaient exécuter leurs propres projets en puisant dans la puissance de calcul accumulée ainsi que les outils de l'expérimentation biologique pour démarrer ?

LabDAO fait de ce rêve une réalité avec sa plateforme PLEX. PLEX est un outil de ligne de commande open source conçu pour rendre non seulement les ressources informatiques, mais également une variété d'outils d'apprentissage automatique biologique (appelés la suite "BioML" au sein de LabDAO) accessibles à travers une variété d'arrière-plans. Qu'il s'agisse d'expérimenter l'amarrage de petites molécules ou ses propres simulations de repliement de protéines, PLEX permet aux utilisateurs d'exploiter la bibliothèque d'outils de LabDAO, de partager les résultats et de les visualiser en moins de cinq minutes.

Cette suite d'outils et sa plate-forme d'utilisation en plus ont été exposées au sommet Blockchain Meets Biology de Zuzalu début avril, où Lily Hansen-Gillis, membre de l'équipe principale du LabDAO, a démontré du début à la fin une simulation de la dynamique moléculaire interne d'un protéine pour trouver sa configuration la plus stable. Puis, en tant que "non-codeur" autoproclamé, elle a guidé le public du début à la fin, le tout avec un ordinateur, le WiFi, PLEX sur la ligne de commande, et rien de plus.

Plus largement, LabDAO est une plate-forme décentralisée compatible Web3 (faisant partie du mouvement plus large « DeSci ») engagée à créer un environnement plus productif pour la découverte de médicaments à source ouverte. En mettant des outils et des ressources de pointe à la disposition d'un écosystème plus large, LabDAO vise à créer un environnement propice à des avancées scientifiques transparentes et accessibles. Que ce soit en éliminant le besoin pour les chercheurs d'avoir leur propre matériel ou infrastructure informatique ou en publiant les résultats d'expériences sur un registre de blockchain de sorte qu'ils soient traitables et reproductibles, l'organisation s'engage à rendre plus d'innovation possible grâce à la collaboration - en éliminant les barrières causées par une mauvaise convivialité et expertise de niche cloisonnée.

Les efforts de LabDAO pour construire ce monde DeSci du futur pour aujourd'hui ont récemment reçu un coup de pouce sous la forme d'un cycle de financement de 3.6 millions de dollars de divers autres DAO, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan et d'autres. Cet afflux de soutien contribuera aux efforts continus pour développer des outils logiciels libres et renforcer l'écosystème de recherche du LabDAO.

Quant à PLEX lui-même, les prochaines étapes immédiates à l'horizon comprennent le test de la plate-forme dans différentes collaborations scientifiques, la conteneurisation de divers outils et l'accumulation du matériel nécessaire pour favoriser le réseau BioML.

En ce qui concerne le long terme, peut-être que le prochain médicament salvateur lors de la prochaine épidémie majeure de maladie infectieuse sera conçu avec la puissance de PLEX, un pas en avant décentralisé à la fois. Alors que l'écosystème continue de croître, seul le temps nous le dira.

Merci à Aishani Aatresh pour des recherches supplémentaires et des rapports sur cet article. Je suis le fondateur de SynBioBeta, et certaines des entreprises sur lesquelles j'écris sont des sponsors du Conférence SynBioBeta. Pour plus de contenu, vous pouvez vous abonner à ma newsletter hebdomadaire.